9억원 초과 조합원입주권 양도하는 경우 양도차익에 대한 장기보유특별공제 대상에 관한 판례

2017. 10. 26. 선고 2017두52504 판결 〔양도소득세경정거부처분취소〕

1세대 1주택으로 의제되고 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하는 조합원입주권을 양도하는 경우, 그 양도차익에 대한 장기보유특별공제의 대상이 구 소득세법 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는지 여부(적극)

구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항, 제95조 제1항, 제2항, 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항에 정한 1세대 1주택으로 의제되고 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 구 소득세법 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서에 정한 공제율이 적용된다고 하여 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니다.